بقای آن در طول قرن‌ها معجزه‌ای در حد قدیس حامی آن، فرانسیس خاویر، است. باور بر این است که کلیسای کوچک در مالیندی، بندری باستانی در سواحل اقیانوس هند کنیا، به اوایل قرن شانزدهم، زمانی که واسکو دا گاما، کاشف پرتغالی، در مسیر هند به آنجا رسید، بازمی‌گردد. او تعدادی از خدمه خود را برای تأسیس یک پایگاه تجاری در آنجا باقی گذاشت. آن‌ها سکونتگاه مسیحی کوچک و آسیب‌پذیر خود را در شهری مسلمان بنا کردند. در قرون پس از آن، کلیسا در برابر تهاجمات، زوال اقتصادی و خود دریا مقاومت کرد.
اما کلیسای سنت فرانسیس خاویر، که ادعای محکمی برای قدیمی‌ترین کلیسای کاتولیک بازمانده در جنوب صحرای آفریقا دارد، امروز با تهدید جدیدی روبه‌رو است. یک ساختمان سه طبقه متعلق به یک شرکت ماهیگیری با مالکیت چینی در زمینی که قبلاً خالی بود، در مجاورت آن در حال ساخت است. کشیش ویلیبارد لاگو، اسقف مالیندی، با اشاره به این حضور سر به فلک کشیده که "صخره بنیاد ایمان ما را می‌لرزاند"، می‌گوید (البته نه کاملاً استعاری). کارخانه فرآوری ماهی پیشنهادی و چاه آب در محل، به طور خطرناکی به پایه‌های کلیسا نزدیک هستند.
فعالان محلی، دولت محلی را متهم می‌کنند که پروژه را به طور نامناسب تأیید کرده است. سلیم علی، ماهیگیری که ملک خانواده‌اش در پشت کلیسا قرار دارد، می‌گوید: "چیزی مشکوک است." سال گذشته، پس از شکایت موزه‌های ملی کنیا، سازمان دولتی حفاظت از میراث، ساخت‌وساز متوقف شد. اسقف می‌گوید گام بعدی این است که ساختمان به کلی تخریب شود. اما شرکت تجدیدنظر کرده است و فعالان می‌ترسند که دادگاه کوتاه بیاید.
این یک ضرر خواهد بود. این ساختمان یادآور تاریخ طولانی و پرفرازونشیب کلیسای کاتولیک در آفریقاست. استقبال سلطان مالیندی از اولین مهاجران پرتغالی در اوایل قرن شانزدهم، نشان‌دهنده گشودگی نسبت به تأثیرات خارجی، از جمله مسیحیت، است. با این حال، گسترش کلیسا در جاهای دیگر آفریقا تا حد زیادی مدیون تقاضای اروپا برای منابع آفریقایی، از جمله بردگان، بود. برخی کاتولیک‌های آفریقایی نسبت به ریشه‌های استعماری کلیسا احساس ناخشنودی داشته‌اند. به گفته استن چو ایلو، کشیش و محقق نیجریه‌ای در دانشگاه دی‌پاول در شیکاگو، امروز بسیاری از آن‌ها، به ویژه در کنیا، ترجیح می‌دهند روابط سست‌تری با واتیکان داشته باشند.
اما کلیسا همچنین نشان می‌دهد که کاتولیسیسم آفریقایی چقدر بومی‌تر شده است. اروپایی‌ها قبرستان آن را پر کرده‌اند، اما در سال‌های اخیر کاتولیک‌های محلی به آنجا سرازیر شده‌اند. تعداد آن‌ها در مالیندی - و جاهای دیگر در آفریقا - همچنان در حال رشد است. در اسقف‌نشین محلی تنها دو مبلغ اروپایی باقی مانده‌اند. اسقف می‌گوید: "حس مالکیت از مبلغان خارج از کشور به مردم بومی در داخل منتقل می‌شود." این خود دلیلی است برای اینکه آن‌ها بخواهند کلیسای خود را حفظ کنند.
برای آگاهی از تحولات جوان‌ترین - و کمتر شناخته شده‌ترین - قاره جهان، در خبرنامه هفتگی تحلیل آفریقا ثبت نام کنید.