در سال ۲۰۰۲، زمانی که آمریکا درگیر ترس از بمب هسته‌ای عراق بود، یک گروه اپوزیسیون ایرانی در کنفرانسی مطبوعاتی از کشفی دراماتیک پرده برداشت. آن‌ها گفتند که ایران تأسیساتی برای غنی‌سازی اورانیوم که در نهایت می‌تواند به سوخت بمب تبدیل شود، ساخته است. این مکان در نزدیکی شهر نطنز، در استان اصفهان، قرار داشت. در ۱۳ ژوئن، صدای انفجارها در نطنز شنیده شد، یکی از اهداف متعددی که در سراسر کشور توسط بمب‌های اسرائیلی مورد حمله قرار گرفت. اسرائیل ادعا کرد: «در ماه‌های اخیر، ایران مشارکت خود را در پیشبرد آمادگی تمامی اجزای لازم برای مونتاژ تسلیحات هسته‌ای افزایش داده است.»
ایران به شدت تکذیب می‌کند که هرگز به دنبال تسلیحات هسته‌ای بوده است. اما این ادعا صحیح نیست. در دهه ۱۹۸۰، جمهوری اسلامی شروع به واردات تجهیزات و مواد هسته‌ای از پاکستان و چین کرد. و در دهه ۱۹۹۰، بر اساس اسنادی که توسط اسرائیل به دست آمده و توسط کارشناسان مرکز بلفر دانشگاه هاروارد تحلیل شده است، طرحی را برای ساخت پنج جنگ‌افزار هسته‌ای و انجام یک آزمایش هسته‌ای زیرزمینی تصویب و بودجه آن را تخصیص داد. این تصمیم توسط کمیته‌ای تأیید شد که علی شمخانی، وزیر دفاع وقت، نیز در آن عضویت داشت. آقای شمخانی، که در آن زمان به عنوان مشاور سیاسی علی خامنه‌ای، رهبر عالی ایران، خدمت می‌کرد، در ۱۳ ژوئن در یک حمله اسرائیلی کشته شد.
این برنامه رسمی تسلیحات هسته‌ای، موسوم به پروژه آماد (AMAD)، طبق یک «برآورد اطلاعات ملی» آمریکا که در سال ۲۰۰۷ منتشر شد، در سال ۲۰۰۳ توسط دولت ایران تعلیق شد. دلیل این تعلیق نامشخص است. ممکن است به این دلیل بوده باشد که صدام حسین، تهدید اصلی ایران، تازه در عراق سرنگون شده بود؛ یا به این دلیل که نیروهای آمریکایی در هر دو سوی ایران، یعنی در عراق و افغانستان، مستقر شده بودند. همچنین مشخص شده بود که سازمان‌های اطلاعاتی غربی به شدت در زنجیره‌های تأمین مورد استفاده ایران نفوذ کرده بودند و سایت‌های هسته‌ای ایران در حال افشا شدن بودند. اما سفر هسته‌ای ایران به همین جا ختم نشد.
ایران ظرفیت غنی‌سازی و ذخایر اورانیوم غنی‌شده خود را در توافقی که در سال ۲۰۱۵ با آمریکا و سایر قدرت‌های بزرگ به دست آمد، محدود کرد. اما دونالد ترامپ در سال ۲۰۱۸ از این توافق خارج شد. از آن زمان به بعد، برنامه هسته‌ای ایران به طور چشمگیری رشد کرده است. در ماه مه، آژانس بین‌المللی انرژی اتمی (IAEA)، یک نهاد نظارتی سازمان ملل، اعلام کرد که ایران بیش از ۴۰۰ کیلوگرم اورانیوم با خلوص ۶۰ درصد به دست آورده است که فاصله کمی تا سطح تسلیحاتی دارد. اگر این مواد بیشتر غنی‌سازی شوند، برای ساخت ۱۰ بمب کافی خواهد بود.
همزمان، ایران به تقویت سایت‌های هسته‌ای خود در برابر حملات ادامه داد. در ۱۲ ژوئن، اندکی پس از توبیخ توسط هیئت مدیره آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، ایران اعلام کرد که سایت غنی‌سازی جدیدی را افتتاح خواهد کرد. این موضوع می‌تواند حفاری‌های اخیر در نزدیکی نطنز را توضیح دهد. جفری لوئیس، کارشناس، می‌گوید که ایران در حال حفر یک تأسیسات زیرزمینی به عمق ۸۰ تا ۱۰۰ متر در زیر یک کوه است. برآورد اندازه این تأسیسات، بر اساس حجم مواد جابجا شده، بیش از ۱۰ هزار متر مربع است – که بزرگ‌تر از فردو (در تصویر)، عمیق‌ترین تأسیسات غنی‌سازی زیرزمینی ایران، است.
مهم‌تر اینکه، با وجود توقف برنامه رسمی تسلیحات، ایران حتی پس از سال ۲۰۰۳ نیز برخی تحقیقات مرتبط با تسلیحات را ادامه داد. ارزیابی بلفر اشاره می‌کند: «تصمیمی برای ادامه برخی کارها جهت پر کردن شکاف‌های فنی وجود داشت... بخشی از آن آشکار، با پوشش‌های غیرنظامی، و بخشی دیگر مخفیانه بود.» حدود ۷۰ درصد از کارکنان پروژه آماد (AMAD) به برنامه جدیدی به نام سپند (SPND) منتقل شدند که تحت رهبری محسن فخری‌زاده، دانشمند هسته‌ای، بود، طبق اسناد اسرائیلی. آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نیز به شواهدی از مدل‌سازی کامپیوتری فرآیند انفجار داخلی (implosion)، بخشی از طراحی بمب، توسط ایران تا سال ۲۰۰۹ اشاره کرده است. همان سال نیز بود که آمریکا، بریتانیا و فرانسه به طور عمومی ساخت فردو توسط ایران را فاش کردند.
با این حال، شواهد در مورد آنچه اخیراً اتفاق افتاده، مبهم است. مقامات اسرائیلی، در توجیه حمله خود، ادعا می‌کنند که «شتاب‌بخشی عمده‌ای» در برنامه هسته‌ای ایران صورت گرفته است که ایران را «به طور قابل توجهی به بمب» نزدیک کرده است. آن‌ها به کار ایران بر روی هسته‌های اورانیوم، منابع نوترون (که باعث انفجار می‌شوند) و مواد منفجره پلاستیکی اشاره می‌کنند. اما مشخص نیست که چه میزان از این موارد واقعاً جدید هستند. و به نظر می‌رسد متحدان اسرائیل کمتر نگران بوده‌اند. در ماه مارس، تولسی گابارد، مدیر اطلاعات ملی آمریکا، به کنگره گفت که سازمان‌های اطلاعاتی آمریکا معتقدند که برنامه پیش از سال ۲۰۰۳ همچنان در حالت تعلیق باقی مانده است: «ایران در حال ساخت سلاح هسته‌ای نیست.»
در واقع، پس از ترور آقای فخری‌زاده، که احتمالا توسط اسرائیل در سال ۲۰۲۰ انجام شد، اقدامات هسته‌ای ایران قطعه‌قطعه‌تر و نامنظم‌تر شده است. هیچ شخصیت واحدی برای هماهنگی آنچه از تحقیقات تسلیحات هسته‌ای باقی مانده بود، وجود ندارد. تصور می‌شد که برخی واحدها در برنامه ایران بدون اطلاع سیاست‌گذاران در حال انجام تحقیقات بودند. یک منبع اسرائیلی اوایل سال جاری به نشریه اکونومیست گفت: «اکنون حداقل پنج یا شش فخری‌زاده وجود دارد و دسترسی به آن‌ها بسیار سخت‌تر است.» این قطعاً نشان‌دهنده احیای پروژه آماد یا پیگیری سرسختانه و به هر قیمتی ساخت بمب نیست. بلکه با نتایج ارزیابی اطلاعات آمریکا در سال ۲۰۰۷ سازگارتر است: که ایران گزینه‌های خود را باز نگه داشته است.
پرسش این است که آیا اسرائیل می‌تواند آسیب ماندگاری وارد کند (به نمودار مراجعه کنید). حملات ۱۳ ژوئن ممکن است بسیاری از آن شش فخری‌زاده را هدف قرار داده باشند. ارتش اسرائیل می‌گوید که به سالن سانتریفیوژ نطنز، اتاق زیرزمینی که در آن سانتریفیوژها اورانیوم را غنی‌سازی می‌کنند، آسیب رسانده است، اگرچه مشخص نیست که این آسیب چقدر جدی بوده است. در زمان نگارش این مطلب، اسرائیل به فردو یا سایت تحقیقات هسته‌ای دیگری در شهر اصفهان حمله نکرده است، اگرچه ممکن است هر دو مکان در موج‌های بعدی مورد حمله قرار گیرند.
یان استوارت از مرکز مطالعات عدم اشاعه جیمز مارتین می‌گوید یک سؤال مهم این است که آیا اسرائیل ذخیره اورانیوم ۶۰ درصد غنی‌شده ایران را پیدا و نابود کرده است. او هشدار می‌دهد: «پنهان کردن مقادیر اندک [اورانیوم] به ایران اجازه می‌دهد تا مرحله غنی‌سازی نهایی را مخفیانه با تعداد کمی سانتریفیوژ به پایان برساند.» او اضافه می‌کند: «ایران همچنین می‌تواند ادعا کند که بخشی از اورانیوم غنی‌شده در حملات از بین رفته است.» علاقه ایران به تسلیحات هسته‌ای برای بیش از ۴۰ سال فراز و نشیب داشته است. اما هرگز به طور کامل از بین نرفته است. و اکنون ممکن است حتی بیشتر به زیرزمین رانده شود.