وزارت اطلاعات ایران مدعی شده است که دشمنان خارجی، از جمله ایالات متحده و اسرائیل، تلاش‌هایی برای هدف قرار دادن آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب، و بی‌ثبات کردن جمهوری اسلامی انجام داده‌اند.
خبرگزاری ایسنا روز شنبه گزارش داد که اسماعیل خطیب، وزیر اطلاعات، هشدار داده است که «دشمن گاهی با سوءقصد و گاهی با حملات خصمانه به دنبال هدف قرار دادن رهبر معظم انقلاب است.»
خطیب با اشاره مستقیم به اسرائیل و ایالات متحده افزود: «کسانی که در این مسیر، آگاهانه یا ناآگاهانه، عمل می‌کنند، عوامل نفوذی دشمن هستند.»
در حالی که بلافاصله مشخص نبود که آیا وزیر به حادثه خاصی اشاره داشته است یا خیر، و مقامات ایرانی اغلب توطئه‌های خارجی را ادعا می‌کنند، اظهارات در مورد تهدیدات علیه جان خامنه‌ای پیش از جنگ ۱۲ روزه بین اسرائیل و ایران در ماه ژوئن، نادر بود.
اسرائیل اعلام کرد که حملات گسترده‌اش به رهبران ارشد نظامی ایران، دانشمندان هسته‌ای، سایت‌های غنی‌سازی اورانیوم و برنامه موشک‌های بالستیک، برای جلوگیری از تحقق طرح اعلام شده جمهوری اسلامی برای نابودی اسرائیل ضروری بوده است. ایران نیز با پرتاب بیش از ۵۰۰ موشک بالستیک و حدود ۱۱۰۰ پهپاد به سمت اسرائیل تلافی کرد.
ایران به طور مداوم دستیابی به تسلیحات هسته‌ای را رد کرده است. با این حال، این کشور اورانیوم را تا سطوحی غنی‌سازی کرده که کاربرد صلح‌آمیزی ندارند، مانع بازرسی‌های بین‌المللی از تأسیسات هسته‌ای خود شده و قابلیت‌های موشک‌های بالستیک خود را گسترش داده است. اسرائیل نیز اعلام کرده است که ایران گام‌هایی به سوی تسلیحاتی شدن برداشته است.
در طول جنگ، گزارش‌هایی منتشر شد مبنی بر اینکه دونالد ترامپ، رئیس‌جمهور آمریکا، طرح اسرائیل برای ترور خامنه‌ای را به دلیل نگرانی از تشدید اوضاع وتو کرده است.
بنیامین نتانیاهو، نخست‌وزیر اسرائیل، این گزارش‌ها را بی‌اهمیت دانست، اما گفت که این اقدام راهی قطعی برای «پایان دادن به درگیری» خواهد بود.
در آن زمان، ترامپ نیز گفت که رهبر معظم ایران «هدف بسیار آسانی» است و «ما او را حذف نخواهیم کرد، حداقل نه در حال حاضر.»
او بعدها در پستی در «تروث سوشال» اعلام کرد که رهبر معظم ایران را از «مرگی بسیار زشت و ننگین» نجات داده است.
خامنه‌ای ۸۶ ساله از سال ۱۹۸۹ رهبر معظم ایران بوده و حرف آخر را در تمام امور دولتی می‌زند.
اوایل این ماه، مسعود پزشکیان، رئیس‌جمهور ایران، گفت که در طول جنگ به ویژه نگران جان خامنه‌ای بوده و می‌ترسیده است که نهادهای کشور «با یکدیگر درگیر شوند.»