رهبران ارشد ایران بیش از یک هفته برای حمله احتمالی اسرائیل در صورت شکست مذاکرات هسته‌ای با ایالات متحده برنامه‌ریزی کرده بودند. اما آنها یک اشتباه محاسباتی بزرگ انجام دادند.
مقامات نزدیک به رهبری ایران روز جمعه گفتند که آنها هرگز انتظار نداشتند اسرائیل قبل از دور دیگری از مذاکرات که برای یکشنبه آتی در عمان برنامه‌ریزی شده بود، حمله کند. آنها گزارش‌ها مبنی بر قریب‌الوقوع بودن حمله را پروپاگاندای اسرائیل برای فشار آوردن به ایران جهت دادن امتیاز در برنامه هسته‌ای خود در آن مذاکرات دانستند.
شاید به دلیل همین بی‌خیالی، اقدامات احتیاطی که برنامه‌ریزی شده بود، نادیده گرفته شدند، مقامات گفتند.
این روایت از نحوه آمادگی مقامات ایرانی قبل از حملات گسترده اسرائیل در سراسر کشورشان در روز جمعه، و واکنش آنها پس از آن، بر اساس مصاحبه با نیم دوجین مقام ارشد ایرانی و دو عضو سپاه پاسداران انقلاب اسلامی است. همه آنها خواستند نامشان فاش نشود تا اطلاعات حساس را مورد بحث قرار دهند.
مقامات گفتند که شب حمله اسرائیل، فرماندهان ارشد نظامی در خانه‌های امن پناه نگرفتند و در عوض در خانه‌های خود ماندند، تصمیمی سرنوشت‌ساز. سردار امیرعلی حاجی‌زاده، فرمانده یگان هوافضای سپاه پاسداران، و کادر ارشدش دستور عدم تجمع در یک مکان را نادیده گرفتند. آنها یک جلسه اضطراری جنگی در یک پایگاه نظامی در تهران برگزار کردند و هنگامی که اسرائیل به پایگاه حمله کرد، کشته شدند.
چهار مقام ایرانی گفتند که تا جمعه شب، دولت تازه داشت به وسعت خسارات ناشی از عملیات نظامی اسرائیل که در ساعات اولیه روز آغاز شد و حداقل ۱۵ مکان در سراسر ایران، از جمله در اصفهان، تبریز، ایلام، لرستان، بروجرد، قم، اراک، ارومیه، قصر شیرین، کرمانشاه و شیراز را هدف قرار داد، پی می‌برد.
اسرائیل بخش زیادی از توانایی دفاعی ایران را از بین برده بود و رادارها و پدافند هوایی را منهدم کرده بود؛ دسترسی ایران به زرادخانه موشک‌های بالستیک خود را فلج کرده بود؛ و چهره‌های ارشد در سلسله مراتب فرماندهی نظامی را از بین برده بود. علاوه بر این، بخش‌های روی زمینی یک کارخانه مهم غنی‌سازی هسته‌ای در نطنز به شدت آسیب دیده بود.
در پیام‌های متنی خصوصی که با نیویورک تایمز به اشتراک گذاشته شد، برخی مقامات با عصبانیت از یکدیگر می‌پرسیدند: «پدافند هوایی ما کجاست؟» و «چگونه اسرائیل می‌تواند هر کجا را که می‌خواهد حمله کند، فرماندهان ارشد ما را بکشد، و ما قادر به متوقف کردنش نباشیم؟» آنها همچنین به شکست‌های بزرگ اطلاعاتی و دفاعی که منجر به ناتوانی ایران در پیش‌بینی حملات و خسارات ناشی از آن شده بود، اعتراض کردند.
حمید حسینی، عضو کمیته انرژی اتاق بازرگانی کشور، در مصاحبه تلفنی از تهران گفت: «حمله اسرائیل رهبری را کاملاً غافلگیر کرد، به خصوص کشتار چهره‌های نظامی و دانشمندان هسته‌ای ارشد. همچنین عدم پدافند هوایی مناسب ما و توانایی آنها برای بمباران سایت‌های حساس و پایگاه‌های نظامی ما بدون هیچ مقاومتی را آشکار کرد.»
آقای حسینی، که به دولت نزدیک است، گفت نفوذ آشکار اسرائیل به دستگاه امنیتی و نظامی ایران نیز مقامات را شوکه کرده است. اسرائیل برای دهه‌ها به عنوان بخشی از جنگ سایه خود با ایران، عملیات پنهانی را در ایران علیه اهداف نظامی و هسته‌ای و ترورهای هدفمند علیه دانشمندان هسته‌ای انجام داده است، اما حمله پیچیده و چندوجهی روز جمعه که شامل هواپیماهای جنگنده و عوامل مخفی بود که قطعات موشک و پهپاد را به کشور قاچاق کرده بودند، نشان‌دهنده سطح جدیدی از دسترسی و توانایی بود.
رهبر عالی ایران، آیت‌الله علی خامنه‌ای، که به مکانی امن و نامعلوم منتقل شده و در آنجا با مقامات ارشد نظامی باقی‌مانده در تماس بود، در یک سخنرانی تلویزیونی گفت که اسرائیل با حملات خود، به ایران اعلام جنگ کرده است. در حالی که او سخن می‌گفت و قول انتقام و مجازات می‌داد، ایران چندین موج از حملات موشکی را به تل‌آویو و اورشلیم آغاز کرد.
آقای خامنه‌ای گفت: «نباید فکر کنند حمله کردند و تمام شد. خیر، آنها شروع کردند. آنها جنگ را شروع کردند. ما اجازه نمی‌دهیم از این جنایت جان سالم به در ببرند.»
اوایل صبح جمعه، شورای عالی امنیت ملی ایران، شورایی ۲۳ نفره مسئول تصمیمات امنیت ملی، جلسه اضطراری برگزار کرد تا در مورد نحوه واکنش کشور بحث کند. به گفته دو مقام آشنا با این بحث‌ها، آقای خامنه‌ای در این جلسه گفت که خواهان انتقام است اما نمی‌خواهد شتاب‌زده عمل کند.
اختلافاتی در مورد زمان و نحوه واکنش ایران و اینکه آیا می‌تواند جنگ طولانی‌مدت با اسرائیل را تحمل کند که می‌تواند ایالات متحده را نیز درگیر کند، با توجه به آسیب شدید به قابلیت‌های دفاعی و موشکی‌اش، پدیدار شد. یک مقام در این جلسه گفت که اگر اسرائیل با حمله به زیرساخت‌های ایران یا تأسیسات آب و انرژی واکنش نشان دهد، می‌تواند منجر به اعتراضات یا شورش‌ها شود.
یک عضو سپاه پاسداران که در جریان جلسه قرار گرفته بود، گفت که مقامات درک کرده‌اند که آقای خامنه‌ای در تقریبا ۴۰ سال حکومتش با لحظه حساسی روبرو است: او باید بین اقدام، و خطر جنگ تمام‌عیار که می‌تواند به حکومتش پایان دهد، یا عقب‌نشینی، که در داخل و خارج از کشور به عنوان شکست تفسیر خواهد شد، تصمیم بگیرد.
علی واعظ، مدیر پروژه ایران در گروه بین‌المللی بحران، گفت: «خامنه‌ای گزینه‌های خوبی در پیش رو ندارد. اگر او تشدید کند، خطر دعوت به حمله ویرانگرتر اسرائیل را به جان می‌خرد که آمریکا نیز می‌تواند به آن بپیوندد. اگر نکند، خطر توخالی شدن رژیمش یا از دست دادن قدرت را به جان می‌خرد.»
در نهایت، آقای خامنه‌ای به ارتش ایران دستور داد تا به اسرائیل شلیک کند. به گفته دو عضو سپاه، در ابتدا، برنامه این بود که تا ۱۰۰۰ موشک بالستیک به اسرائیل پرتاب شود تا پدافند هوایی آن را در هم بشکند و حداکثر خسارت را تضمین کند. اما حملات اسرائیل به پایگاه‌های موشکی، جابجایی سریع موشک‌ها از انبار و قرار دادن آنها بر روی سکوهای پرتاب را غیرممکن کرده بود.
در نهایت، ایران تنها توانست حدود ۱۰۰ موشک را در امواج اولیه حملات خود جمع‌آوری کند. حداقل هفت نقطه در اطراف تل‌آویو مورد اصابت قرار گرفت که یک کشته و حداقل ۲۰ زخمی برجای گذاشت و به ساختمان‌های مسکونی آسیب رساند.
مقامات گفتند که روز جمعه، پس از اینکه حملات اسرائیل برای بخشی از روز فروکش کرده بود، ارتش ایران با عجله اقدام به تعمیر برخی از پدافندهای هوایی آسیب‌دیده و نصب پدافندهای جدید کرد. حریم هوایی ایران همچنان بسته ماند و پروازها متوقف و فرودگاه‌ها تعطیل شدند.
برخی از ساکنان تهران، روز جمعه را که تعطیل رسمی بود، در صف پمپ بنزین‌ها برای پر کردن باک خودروهایشان و هجوم به فروشگاه‌ها برای ذخیره اقلام ضروری مانند نان، کنسرو و آب معدنی گذراندند. بسیاری از خانواده‌ها تا پاسی از شب در پارک‌ها جمع شدند، پتو و پیک‌نیک روی چمن پهن کردند و در مصاحبه‌های تلفنی گفتند که پس از حمله اسرائیل به ساختمان‌های مسکونی در محله‌های مختلف با هدف قرار دادن دانشمندان و مقامات نظامی و دولتی، از ماندن در داخل خانه می‌ترسیدند.
مهرداد ۳۵ ساله، که به دلیل نگرانی‌های امنیتی نمی‌خواست نام خانوادگی‌اش فاش شود، ویدیویی از دیوار و پنجره‌های آشپزخانه‌اش را که بر اثر اصابت موشک اسرائیل به ساختمان بلندمرتبه کناری در محله مرفه شمال تهرانش ویران شده بود، به اشتراک گذاشت. او گفت که خوش‌شانس بوده که هنگام حمله در اتاق خواب بوده، اما برخی از غیرنظامیان در محله، از جمله کودکان، زخمی شده‌اند.
در ساعات اولیه شنبه، اسرائیل حملات خود به تهران را از سر گرفت. برخی از ساکنان، از جمله فاطمه حسنی، که در محله میرداماد زندگی می‌کند، گفتند که صدای وزوز پهپادها را در بالای سر و صدای انفجارهای بی‌وقفه و به دنبال آن صدای شلیک پدافند هوایی را در شرق و مرکز تهران شنیده‌اند.
مهسا، مهندس کامپیوتر ۴۲ ساله که در شمال پایتخت زندگی می‌کند و به همین ترتیب از ترس امنیت خود نمی‌خواست نام خانوادگی‌اش را فاش کند، گفت که او و خانواده‌اش نتوانستند بخوابند. آنها نه تنها صدای انفجارها را می‌شنیدند بلکه رگه‌هایی از آتش و دود را نیز از پنجره‌هایشان مشاهده می‌کردند.
او گفت: «ما در میانه یک جنگ هستیم، این برای همه ما واضح است، و نمی‌دانیم به کجا خواهد رفت و چگونه پایان خواهد یافت.»